Pod laminarem

Wpis ten ma służyć jak punkt drogowskaz do poszukiwania informacji o ekspresji białek. Będę umieszczał tu linki do repozytoriów, baz danych i narzędzi bioinformatycznych, które pozwalają na uzyskanie wiedzy o poziomie ekspresji badanego białka w tkankach, czynnikach regulujących ekspresję oraz różnicach w poziomach mRNA i białka pomiędzy komórkami i tkankami zdrowymi a zmienionymi nowotworowo. 1. The Human Protein Atlas Portal The Human Protein Atlas  jest publicznie dostępną bazą danych z milionami zdjęć, które pokazują rozmieszczenie przestrzenne i poziom ekspresji białek w ludzkich tkankach, zarówno zdrowych jak i zmienionych nowotworowo. Zdjęcia dostępne w Atlasie  powstały użyciu immunohistochemii oraz mikroskopii fluorescencyjnej – technik laboratoryjnych wykorzystujących  przeciwciała. Dodatkowo w Atlasie znajdują się wyniki z eksperymentów mikromacierzowych oraz sekwencjonowania następnej generacji (RNA-Seq) pokazujących ekspresję genów na poziomie mR...

Genevisible jest programem on-line, przy pomocy którego szybko zidentyfikujesz tkanki (zakładka Tissues ), linie komórkowe (zakładka Cell-Lines ) i rodzaje nowotworów (zakładka Cancers ), w których badany gen ulega najwyższej ekspresji. Dodatkowo możesz sprawdzić pod wpływem jakich czynników (zakładka Perturbations ) badany gen podlega up- lub down-regulacji w najbardziej istotny sposób. Interfejs programu Genevisible dostępnego pod adresem genevisible.com . Program pozwala na przeprowadzenie analizy dla następujących organizmów: Homo sapiens (człowiek), Mus musculus (mysz), Rattus norvegicus (szczur), Sus scrofa (dzik), Drosophila melanogaster (muszka owocowa), Arabidopsis thaliana (rzodkiewnik pospolity), Oryza sativa (ryż), Zea mays (kukurydza), Hordeum vulgare (jęczmień), Triticum aestivum (pszenica), Glycine max (soja), Medicago truncatula (lucerna), Sorghum bicolor (sorgo). Na wejściu wystarczy podać symbol badanego genu i niemalże natychmiast ...

W laboratorium wszystko musi być zawsze opisane i podpisane. Zawsze! To zasada dotyczy również pracy z komórkami. Każde naczynie hodowlane będące w użyciu musi być opatrzone następującymi informacjami:  nazwa linii komórkowej, data rozpoczęcia hodowli, data przeprowadzenia każdej manipulacji na danej hodowli komórkowej (np.: data zmiany pożywki), pasaż, imię i nazwisko lub inicjały właściciela. Pierwsza hodowla założona wprost z kriofiolki (mrożaka) od dostawcy oznacza jest jako pasaż "zerowy". Numer pasażu zapisuje się najczęściej w następujący sposób: litera P - kropka - numer pasażu (np.: P.2), pierwiastek z numeru pasażu (np.: √2). Taki zapis w obu przypadkach oznacza drugi pasaż. W przypadku szalek Petriego ważnym jest aby informację o linii komórkowej umieścić również na spodniej, zewnętrznej stronie szalki. Nazwę linii zapisujemy wtedy pismem lustrzanym. W ten sposób będziemy wiedzieć jakie komórki znajdują się na danej szalce nawet jeśli zdejmi...