Genevisible - proste narzędzie bioinformatyczne przydatne w badaniu ekspresji genów

Genevisible jest programem on-line, przy pomocy którego szybko zidentyfikujesz tkanki (zakładka Tissues), linie komórkowe (zakładka Cell-Lines) i rodzaje nowotworów (zakładka Cancers), w których badany gen ulega najwyższej ekspresji. Dodatkowo możesz sprawdzić pod wpływem jakich czynników (zakładka Perturbations) badany gen podlega up- lub down-regulacji w najbardziej istotny sposób.

Interfejs programu Genevisible dostępnego pod adresem genevisible.com.

Program pozwala na przeprowadzenie analizy dla następujących organizmów:

• Homo sapiens (człowiek),
• Mus musculus (mysz),
• Rattus norvegicus (szczur),
• Sus scrofa (dzik),
• Drosophila melanogaster (muszka owocowa),
• Arabidopsis thaliana (rzodkiewnik pospolity),
• Oryza sativa (ryż),
• Zea mays(kukurydza),
• Hordeum vulgare (jęczmień),
• Triticum aestivum (pszenica),
• Glycine max (soja),
• Medicago truncatula (lucerna),
• Sorghum bicolor (sorgo).

Na wejściu wystarczy podać symbol badanego genu i niemalże natychmiast uzyskujemy dostęp do danych. Wyniki prezentowane w programie Genevisible pochodzą z publicznych baz danych eksperymentów mikromacierzowych takich jak Gene Expression Omnibus. Genevisible jest znacznie uproszczoną wersją innego narzędzia – programu Genevestigator pozwalającego na prowadzenie znacznie bardziej zaawansowanych analiz danych związanych z profilowaniem ekspresji genów.

Program Genevisible można wykorzystać do zidentyfikowania linii komórkowych o wysokiej ekspresji badanego, które można następnie wykorzystać w badaniach biologicznych. W przypadku słabo poznanych genów profil ekspresji może pomóc przy wnioskowaniu dotyczącego funkcji pełnonej w organizmie, zaś dane z zakładki Perturbations mogą wskazać na potencjalny mechanizm regulacji.