Przejdź do głównej zawartości

Rozszerzenia do przeglądarki internetowej niezbędne w codziennej pracy biologa

Poniżej znajdziesz kilka przydatnych wtyczek do przeglądarki internetowej, z których korzystam w codziennej pracy.

1. Gene Info eXtension (GIX)

GIX to rozszerzenie przeglądarki, które umożliwia pobieranie informacji o (białkowym) produkcie genu bezpośrednio na dowolnej stronie internetowej. Po prostu klikasz dwukrotnie na nazwę genu lub na obsługiwany numer dostępu jednej z popularnych baz danych (Ensembl, Entrez, neXtPro, RefSeq, UniProt) i w oknie przeglądarki wyskoczy Ci panel z informacjami o genie i kodowanym przezeń białku.

Rozszerzenie GIX zostało opracowane przez dr Anne-Claude Gingras z Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute w Toronto (Kanada).

Zaznaczasz nazwę genu gdzieś na stronie internetowej, a GIX dostarcza Ci podstawowych informacji na temat białkowego produktu tego genu.

Literatura

Strona www rozszerzenia: https://gene-info.org
Opis rozszerzenia został opublikowany w Nature Methods. Darmowa wersja artykułu będzie dostępna na PubMed Central od 01.02.2020 r.

Pobieranie wtyczki

Chrome: zainstaluj rozszerzenie ze strony Chrome Web Store.
Firefox: zainstaluj rozszerzenie ze strony Firefox Add-ons.
Opera: najpierw zainstaluj to rozszerzenie, potem ściągnij GIX-a w wersji dla Chrome'a.
Edge: najpierw włącz możliwość instalowania wtyczek z Chrome Web Store, potem zainstaluj GIX-a w wersji dla Chrome'a.
Internet Explorer: zainstaluj Chrome'a, Firefoksa lub Operę.

2. Unpaywall

Rynek wydawnictw naukowych to prawdziwa abominacja. Naukowcy dostarczają wydawcom treści nie otrzymując za to wynagrodzenia. Dodatkowo za darmo recenzują manuskrypty (tzw. peer review) czym zapewniają jakość publikowanych treści. Wydawca zaś żąda od wszystkich opłaty za dostęp do opublikowanych prac. Ostatnio trochę się w tej kwestii zmienia (ruch open-access, sci-hub), ale płatny dostęp do publikacji (tzw. paywall) wciąż stanowi dla wielu badaczy istotną przeszkodzę w codziennej pracy naukowej.

I tu pojawia się rozszerzenie o nazwie Unpaywall, które przeszukuje liczne źródła internetowe w poszukiwaniu alternatywnego, legalnego dostępu do pełnotekstowej wersji publikacji. Autorzy rozszerzenia zbierają manuskrypty z tysięcy uniwersyteckich i rządowych serwerów na całym świecie. Artykuły pełnotekstowe, które się tam znajdują zostały wcześniej legalnie przesłane przez autorów za zgodą wydawców.

Obsługa rozszerzenia sprowadza się do kliknięcia na zieloną kłódkę, która pojawia się na stronach z publikacjami, do których znaleziono bezpłatny dostęp.

Po kliknięciu na zieloną zieloną ikonę z kłódką dostaniesz PDF-a z pełnym tekstem publikacji. Jeżeli Unpaywall nie ma dostępu do publikacji, to ikona będzie szara.

Literatura

Strona www rozszerzenia: https://unpaywall.org
Artykuł dotyczący rozszerzenia Unpaywall ukazał się w magazynie Nature.

Pobieranie wtyczki

Chrome: zainstaluj rozszerzenie ze strony Chrome Web Store.
Firefox: zainstaluj rozszerzenie ze strony Firefox Add-ons.
Opera: najpierw zainstaluj to rozszerzenie, potem ściągnij Unpaywall w wersji dla Chrome'a.
Edge: najpierw włącz możliwość instalowania wtyczek z Chrome Web Store, potem zainstaluj Unpaywall w wersji dla Chrome'a.
Internet Explorer: zainstaluj Chrome'aFirefoksa lub Operę.

3. Redirector

Na pierwszy rzut oka Redirector może wydawać się mało interesującym rozszerzeniem z punktu widzenia biologa. Można jednak znaleźć dlań całkiem praktyczne zastosowanie... Otóż Redirector pozwala na przekierowanie adresów internetowych na zdefiniowane przez użytkownika strony. Można więc wykorzystać Redirectora do przekierowania linków z numerami DOI bezpośrednio na portal sci-hub. Jeżeli korzystasz z tego portalu, to oszczędzisz sobie zbędnej zabawy w ciągłe kopiuj-wklej. 

Opis konfiguracji rozszerzenia dostępny jest tutaj.

Pobieranie wtyczki

Chrome: zainstaluj rozszerzenie ze strony Chrome Web Store.
Firefox: zainstaluj rozszerzenie ze strony Firefox Add-ons.
Opera: zainstaluj rozszerzenie ze strony Opera Add-ons.
Edge: najpierw włącz możliwość instalowania wtyczek z Chrome Web Store, potem zainstaluj Redirectora w wersji dla Chrome'a.
Internet Explorer: zainstaluj Chrome'aFirefoksa lub Operę.

Pamiętaj, żeby skonfigurować wtyczkę zgodnie z instrukcjami z GitHub-a.

Komentarze

Popularne posty z tego bloga

Jak opisywać naczynia hodowlane?

W laboratorium wszystko musi być zawsze opisane i podpisane. Zawsze! To zasada dotyczy również pracy z komórkami. Każde naczynie hodowlane będące w użyciu musi być opatrzone następującymi informacjami:  nazwa linii komórkowej, data rozpoczęcia hodowli, data przeprowadzenia każdej manipulacji na danej hodowli komórkowej (np.: data zmiany pożywki), pasaż, imię i nazwisko lub inicjały właściciela. Pierwsza hodowla założona wprost z kriofiolki (mrożaka) od dostawcy oznacza jest jako pasaż "zerowy". Numer pasażu zapisuje się najczęściej w następujący sposób: litera P - kropka - numer pasażu (np.: P.2), pierwiastek z numeru pasażu (np.: √2). Taki zapis w obu przypadkach oznacza drugi pasaż. W przypadku szalek Petriego ważnym jest aby informację o linii komórkowej umieścić również na spodniej, zewnętrznej stronie szalki. Nazwę linii zapisujemy wtedy pismem lustrzanym. W ten sposób będziemy wiedzieć jakie komórki znajdują się na danej szalce nawet jeśli zdejmi...

Genevisible - proste narzędzie bioinformatyczne przydatne w badaniu ekspresji genów

Genevisible jest programem on-line, przy pomocy którego szybko zidentyfikujesz tkanki (zakładka Tissues ), linie komórkowe (zakładka Cell-Lines ) i rodzaje nowotworów (zakładka Cancers ), w których badany gen ulega najwyższej ekspresji. Dodatkowo możesz sprawdzić pod wpływem jakich czynników (zakładka Perturbations ) badany gen podlega up- lub down-regulacji w najbardziej istotny sposób. Interfejs programu Genevisible dostępnego pod adresem genevisible.com . Program pozwala na przeprowadzenie analizy dla następujących organizmów: Homo sapiens (człowiek), Mus musculus (mysz), Rattus norvegicus (szczur), Sus scrofa (dzik), Drosophila melanogaster (muszka owocowa), Arabidopsis thaliana (rzodkiewnik pospolity), Oryza sativa (ryż), Zea mays (kukurydza), Hordeum vulgare (jęczmień), Triticum aestivum (pszenica), Glycine max (soja), Medicago truncatula (lucerna), Sorghum bicolor (sorgo). Na wejściu wystarczy podać symbol badanego genu i niemalże natychmiast ...