Bazy danych i narzędzia bioinformatyczne do analizy ekspresji genów

Wpis ten ma służyć jak punkt drogowskaz do poszukiwania informacji o ekspresji białek. Będę umieszczał tu linki do repozytoriów, baz danych i narzędzi bioinformatycznych, które pozwalają na uzyskanie wiedzy o poziomie ekspresji badanego białka w tkankach, czynnikach regulujących ekspresję oraz różnicach w poziomach mRNA i białka pomiędzy komórkami i tkankami zdrowymi a zmienionymi nowotworowo.

1. The Human Protein Atlas

Portal The Human Protein Atlas jest publicznie dostępną bazą danych z milionami zdjęć, które pokazują rozmieszczenie przestrzenne i poziom ekspresji białek w ludzkich tkankach, zarówno zdrowych jak i zmienionych nowotworowo. Zdjęcia dostępne w Atlasie powstały użyciu immunohistochemii oraz mikroskopii fluorescencyjnej – technik laboratoryjnych wykorzystujących  przeciwciała. Dodatkowo w Atlasie znajdują się wyniki z eksperymentów mikromacierzowych oraz sekwencjonowania następnej generacji (RNA-Seq) pokazujących ekspresję genów na poziomie mRNA.

Logo projektu The Human Protein Atlas.

Atlas składa się z trzech części:

• Tissue Atlas: zawiera informacje o rozmieszczeniu przestrzenny białek w głównych organach i tkankach ludzkiego ciała,
• Cell Atlas: pokazuje lokalizację białek w obrębie komórki, tzw. lokalizację subkomórkową,
• Pathology Atlas: zawiera informacje o wpływie

The Human Protein Atlas. Wzór ekspresji białka MBP (myelin basic protein) w ludzkich tkankach i organach.

Atlas został opisany w publikacji autorstwa Mathiasa Uhléna i współpracowników pt. Tissue-based map of the human proteome w czasopiśmie Nature (2015 r.).