Poniżej znajdziesz kilka przydatnych wtyczek do przeglądarki internetowej, z których korzystam w codziennej pracy. 1. Gene Info eXtension (GIX) GIX to rozszerzenie przeglądarki, które umożliwia pobieranie informacji o (białkowym) produkcie genu bezpośrednio na dowolnej stronie internetowej. Po prostu klikasz dwukrotnie na nazwę genu lub na obsługiwany numer dostępu jednej z popularnych baz danych (Ensembl, Entrez, neXtPro, RefSeq, UniProt) i w oknie przeglądarki wyskoczy Ci panel z informacjami o genie i kodowanym przezeń białku. Rozszerzenie GIX zostało opracowane przez dr Anne-Claude Gingras z Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute w Toronto (Kanada). Zaznaczasz nazwę genu gdzieś na stronie internetowej, a GIX dostarcza Ci podstawowych informacji na temat białkowego produktu tego genu. Literatura Strona www rozszerzenia: https://gene-info.org Opis rozszerzenia został opublikowany w Nature Methods . Darmowa wersja artykułu będzie dostępna na PubMed Central ...
Wpis ten ma służyć jak punkt drogowskaz do poszukiwania informacji o ekspresji białek. Będę umieszczał tu linki do repozytoriów, baz danych i narzędzi bioinformatycznych, które pozwalają na uzyskanie wiedzy o poziomie ekspresji badanego białka w tkankach, czynnikach regulujących ekspresję oraz różnicach w poziomach mRNA i białka pomiędzy komórkami i tkankami zdrowymi a zmienionymi nowotworowo. 1. The Human Protein Atlas Portal The Human Protein Atlas jest publicznie dostępną bazą danych z milionami zdjęć, które pokazują rozmieszczenie przestrzenne i poziom ekspresji białek w ludzkich tkankach, zarówno zdrowych jak i zmienionych nowotworowo. Zdjęcia dostępne w Atlasie powstały użyciu immunohistochemii oraz mikroskopii fluorescencyjnej – technik laboratoryjnych wykorzystujących przeciwciała. Dodatkowo w Atlasie znajdują się wyniki z eksperymentów mikromacierzowych oraz sekwencjonowania następnej generacji (RNA-Seq) pokazujących ekspresję genów na poziomie mR...